「ある組織の存在に気づいた公安９課。その組織を調査する中で、まずたどり着いたのはネルフという国連直属の特務機関」攻殻機動隊（公安9課）の電脳戦と、ネルフ本部の中枢であるMAGIシステムとではどちらが勝つのだろうか。又、その影に潜むものとは・・・…